Kidou Senshi Gundam SEED DESTINY - Cosmic Era to pierwsze alternatywne uniwersum, które doczekało się pełnej kontynuacji (2004r.). Destiny rozgrywa się dwa lata po wydarzeniach przedstawionych w oryginale. Ukazani nam są nowi bohaterowie, ale większość starych także jest obecna. Po raz kolejny jesteśmy świadkami nowych konfliktów, których źródło sięga znacznie głębiej niż może się wydawać. Kontynuacja SEEDa jak nigdy dotąd podzieliła widzów na zwolenników i przeciwników. Krytykowano między innymi nieudane kopiowanie wielu wątków z wcześniejszych gundamów, dużą ilość błędów, naciągnięć, występujących bohaterów czy też mówiąc ogólnie skomercjalizowanie tytułu. Niemniej jednak sukces jaki osiągnęło anime nie był znacznie mniejszy od poprzednika. Parę miesięcy po zakończeniu emisji wydana została OVA Final Plus: The Chosen Future, będąca powtórką dwóch ostatnich odcinków + 10min brakującego zakończenia. Na szczególną uwagę zasługuje w Seed Destiny muzyka. Ta była świetna już w poprzedniku, tutaj dostajemy jej po prostu więcej. Niedawno zostały wydane także cztery filmy kompilacyjne będące 'streszczeniem' serii. Wielu zmian w stosunku do oryginału jednak nie ma.
Anime doczekało się także mangi SEED DESTINY Astray. Ponownie nowi bohaterowie na tle wydarzeń znanych z serii. Gościnnie pojawiają się też postacie z Seed Astray.